１．自然基質保藏法 保藏香菇、木耳、平菇、猴頭菇等木腐菌用木屑麩皮培養基，其成分為：木屑７８％、麩皮２０％、石膏１％、磷肥１％。保藏草菇等草腐菌采用草粉麩皮培養基，即將木屑麩皮培養基中的木屑換成草粉。保藏蘑菇等類草腐生菌采用廄肥配方。按上述配方將料充分拌勻后，調整ＰＨ值、含水量至所保藏菌種的適應范圍，即可裝入試管，裝量為試管高度的１／２。高壓滅菌１小時，冷卻后接入所需保藏的菌種。待菌絲吃料２～３厘米后，取出接種塊，用石蠟熔封管口置黑暗、低溫、干燥處保藏，常溫下可保藏１年。
２．風干子實體保藏法 大多數食用菌子實體在失水狀態下會停止生長而進入休眠狀態，當環境適宜時又會恢復活力。根據這一原理，可采取保藏子實體的辦法來保藏菌種。具體做法是：選生長健壯、無病蟲害的幼嫩子實體及時風干，用防潮紙包好，放入裝有生石灰的塑料袋中，置干燥處保藏，可保存１～２年。取用時，用蒸餾水將所保藏的子實體泡發，待恢復自然狀態后，稍加風干，即可按組織分離法來分離菌種。
３．風干菇耳木保藏法 將所要保藏的菌種按段木栽培食用菌的辦法接入適生樹種中，當菌絲發好后，鋸取生長良好的一段，置陰涼處風干，懸掛在通風處，防止日曬、雨淋。在失水狀態下，菇耳木內的菌絲可存活１年以上。需種時，按菇耳木分離菌種的辦法即可得到純菌種。
